Õppetoolid
Teadus
Lõputööd
Tudengile
Instituudist
Bioloogilise ohutuse Eesti projekt



Geenitehnoloogia õppetool


Koosseis:

 

Erkki Truve, PhD, professor, õppetooli juhataja  erkki.truve@ttu.ee

 

Kadri Järve, PhD, dotsent, kadri.jarve@ttu.ee

Cecilia Sarmiento, PhD, dotsent, cecilia.sarmiento@ttu.ee

 

Tamara Enno, DSc, vanemteadur, tamara.enno@ttu.ee 

Heiti Paves, PhD, vanemteadur, heiti.paves@ttu.ee

Hilma Peuša, PhD, vanemteadur hilma.peusa@ttu.ee

Ljudmilla Timofejeva, PhD, vanemteadur, ljuda_timofejeva@yahoo.com

 

Irena Jakobson, teadur, irena.jakobson@ttu.ee

Eve-Ly Ojangu, teadur, eve-ly.ojangu@ttu.ee

Allan Olspert, teadur, allan.olspert@ttu.ee

Merike Sõmera, teadur (lapsepuhkusel), merike.meier@ttu.ee

Jelena Tsõmbalova, teadur jelena.tsombalova@ttu.ee

 

Lenne Nigul, assistent, lenne.nigul@ttu.ee

Üllar Rammul, assistent, yllar.rammul@ttu.ee

 

Signe Nõu, insener, signenou@hotmail.com

Galina Sokolova  vanemlaborant

 

Birger Ilau, doktorant, birger.ilau@ttu.ee

Kristel Järve, doktorant, kristel.jarve@ttu.ee

Diana Posti, doktorant, diana.di@mail.ee

Gabriela Uffert, doktorant gabrielala@hot.ee

 

Kristjan Kamsol, magistrant, XXsajandilaps@gmail.com

Mariliis Kiisma, magistrant, mariliis.kiisma@ttu.ee

Kairi Kärblane, magistrant, kairi.karblane@mail.ee

Kristiina Talts, magistrant, krezzu@gmail.com

 

Krista Tanner, üliõpilane, tanner277@hotmail.com

Karmen Tõnismann, üliõpilane, karmen1755@hot.ee

 

 


Projektid

Taimeviirused ja RNA vaigistamine
Projekti juht: prof. E. Truve 

 
Projekti üldised eesmärgid on:
1) taimede RNA viiruste hulka kuuluvate sobemoviiruste genoomi organisatsiooni, ekspressiooni ning individuaalsete geenide funktsioonide uurimine;
2) viirusvastase RNA vaigistamise ning seda supresseerivate viirusvalkude (muuhulgas sobemoviiruste valkude) uurimine.
 
Sobemoviiruste molekulaarsel iseloomustamisel kasutame mudelobjektina otra, kaera ja keraheina nakatavat keraheina laiguviirust (Cocksfoot mottle virus, CfMV). Kasutades viiruse infektsioonilist cDNA-d ja sellel baseeuvaid erinevaid konstrukte, iseloomustame individuaalsete viirusvalkude bioloogilisi funktsioone ning ekspressiooni strateegiaid. Analüüsime viirus genoomse RNA signaaljärjestusi, mis on olulised viiruse replikatsioonil ning rekombinatsioonil.
Teise eesmärgi realiseerimisel iseloomustame me RNA vaigistamise supressoreid samuti eelkõige viiruste perekonnast Sobemovirus, aga ka teiste viiruste poolt kodeeritavaid. Uurime ka nimetatud suppressorite muid funktsioone viiruse elutsüklis ja supressoritega inerakteeruvaid peremehe valke. Taimede (eelkõige Arabidopsis’e) endogeensete valkude uurimisel identifitseerime ja iseloomustame ka uudseid endogeenseid RNA vaigistamise supressoreid. Siin on meie peamiseks uurimisobjektiks ABC valkude superperekonda kuuluvad valgud AtRLI1 ja AtRLI2.
 
Tööd finantseerivad hetkel Eesti Vabariigi Haridus- ja Teadusministeerium ning Eesti Teadusfond.
 
Publikatsioonid 2002-2006:
 
1.      Sarmiento, C., Gomez, E., Meier, M., Kavanagh, T., Truve, E. 2006. Cocksfoot mottle virus P1 suppresses RNA silencing in Nicotiana benthamiana and Nicotiana tabacum. Virus Res., in press.
2.      Meier, M., Truve, E. 2006. An attempt to identify recombinants between two sobemoviruses in doubly infected oat plants. Environ. Biosafety Res. 5: in press.
3.      Meier, M., Paves, H., Olspert, A., Tamm, T., Truve, E. 2006. P1 protein of Cocksfoot mottle virus is indispensable for the systemic spread of the virus. Virus Genes 32:321-326.
4.      Sarmiento, C., Nigul, L., Kazantseva, J., Buschmann, M., Truve, E. 2006. AtRLI2 is an endogenous suppressor of RNA silencing. Plant Mol. Biol. 61:153-163.
5.      Truve, E. 2004. Genus: Sobemovirus. In: Viruses and Virus Diseases of Poaceae (Gramineae). Lapierre H., Signoret P.A., eds. INRA Editions, Paris. 418-422.
6.      Nigul, L., Olspert, A., Meier, M., Paves, H., Talpsep, T., Truve, E. 2004. New plant vectors for protein tagging with E2 epitope. Plant Mol. Biol. Rep. 22:399-407.
7.      Tiidema, A., Truve, E. 2004. Efficient regeneration of fertile barley plants from callus cultures of several Nordic cultivars. Hereditas 140:171-176.
 
 
Eesmärgiks on välja selgitada müosiinide funktsioonid taimerakkudes: rakusiseses- ja rakkudevahelises transpordis ning morfogeneesis.
1. Iseloomustada ja publitseerida klass XI müosiini XI-K geeni ekspressioon ning vastava T-DNA insertsiooniliste mutantide fenotüüp detailselt.
2. Jätkata teiste klass VIII ja XI müosiinide geenide uurimist ning nende T-DNA insertsiooniliste mutantide fenotüpiseerimist. Mudelsüsteemina kasutatakse Arabidopsis thaliana’t (müürlook) ja uurimismeetoditeks on:
1. Müosiinide insertsiooniliste T-DNA mutantide analüüs;
2. Müosiinide koe- ja arenguspetsiifilise ekspressiooni uurimine;
3. GFP ja müosiinide hübriidvalkude ekspresseerimine.
 

Töörühma liikmed:

 
Eve-Ly Ojangu, MSc, doktorant, eve-ly.ojangu@ttu.ee
Birger Ilau, MSc, doktorant, birger5@yahoo.com
Kristel Järve, MSc, doktorant, kessuks@hot.ee
 
 
 

Taimede müosiinid

 
Publikatsioonid:
 
Paves H, Truve E. Incorporation of mammalian actin into microfilaments in plant cell nucleus. BMC Plant Biol. 2004 Apr 21;4:7.
 
Paves H, Truve E. Myosin inhibitors block accumulation movement but not avoidance movement of chloroplasts. Protoplasma, in press.
 
Ojangu E, Järve K, Paves H, Truve E. Arabidopsis thaliana myosin XIK is involved in root hair as well as trichome morphogenesis on stems and leaves. Protoplasma, in press.


Taimede resistentsusgeneetika

 

Töörühma liikmed:

 
Kadri Järve, bioloogiakandidaat - töörühma juht, vanemteadur (molekulaargeneetika)
Hilma Peuša, bioloogiakandidaat - vanemteadur (fütopatoloog)
Ljudmilla Timofejeva, PhD - vanemteadur (molekulaargeneetika)
Tamara Enno, bioloogiadoktor - vanemteadur (tsütoloogia)
Anu Tiidema, MSc - teadur (mikrospoorikultuurid, topelthaploidsed taimed)
Jelena Tsõmbalova, MSc - teadur (nisu resistentsusgeenid, genotüpiseerimine)
Irena Jakobson - insener (molekulaarne markeranalüüs, genoomi kaardistamine)
Galina Sokolova - vanemlaborant (koekultuur, taimekasvatus)
 
 
 
 
Taimehaiguste ja kahjurite poolt põhjustatud saagikadu on maailmas enimkasvatatavate kultuuride (riis, nisu, kartul, mais) jaoks hinnanguliselt kuni 20% potentsiaalsest kogusaagist.
Selle uurimisteema eesmärgiks on edendada taimede haiguskindlust tagavate mehhanismide ja protsesside olemuse mõistmist. Nimetatud protsesside selgitamine annab uudsed võimalused taimede haiguskindluse tõstmiseks molekulaarse selektsiooni ja transgeenide kasutamise abil.
Uurimisobjektiks on nisu (Triticum aestivum) taimede reaktsioon seenpatogeenile Erysiphe graminis f. ssp. tritici, mis tekitab niiskes kliimas laialdaselt levivat jahukastet.
 
Konkreetseteks ülesanneteks on:
  • Taim-patogeeni interaktsiooni uurimine nisu genotüüpide ja patogeeni isolaatide tasemel
  • Taim-patogeeni interaktsiooni uurimine taime resistentsusgeenide tasemel
  • Patogeeni populatsioonide ja isolaatide iseloomustamine molekulaarsel tasemel
 
Teema raames teostatakse tellimustööna taimede genotüpiseerimist.

Publikatsioonid 2002-2006: 

  1. Lebedeva, T.V., Peusha, H.O. 2006. Genetic control of the wheat Triticum monococcum L. resistance to powdery mildew. Генетика 42(1), 60-66.
  2. Jakobson, I., Peusha, H., Timofejeva, L., Järve, K. 2006. Adult plant and seedling resistance to powdery mildew in a Triticum aestivum × Triticum militinae hybrid line. Theoretical and Applied Genetics 112 (4), 760 – 769.
  3. Jakobson, I., Peusha, H., Järve, K. 2005. Jahukastekindel nisu hübriidliin. – Sordiaretus ja seemnekasvatus IX. Jõgeva, lk 197-204.
  4. Peusha, H., Sadam, H., Enno, T. 2005. Chromosome location of genes for powdery mildew resistance in the common wheat cultivar Helle. Annual Wheat Newsletter 51, 29-31.
  5. Tohver, M., Kann, A., Täht, R., Mihhalevski, A., Hakman, J. 2005. Quality of triticale cultivars suitable for growing and bread-making in northern conditions. Food Chemistry 89, 125-132.
  6. Tiidema, A., Truve, E. 2004. Efficient regeneration of fertile barley plants from callus cultures of several Nordic cultivars. Hereditas 140, 171-176.
  7. Enno, T., Peusha, H., Priilinn, O. 2002. Monosomic analysis of powdrey mildew resistance in common wheat cultivar Sunnan. Annual Wheat Newsletter 48, 49-51.
  8. Järve, K., Jakobson, I., Enno, T.. 2002. Tetraploid wheat species Triticum timopheevii and Triticum militinae in common wheat improvement. A review. Acta Agronomica Hungarica 50(4), 1-15.
 
 

Taimede meioos

 
Uuritakse ajalist ja funktsionaalset interaktsiooni meiootilise rekombinatsiooni ja sünaptoneemse kompleksi (SC) moodustumise vahel.
Uurimisobjektiks on erinevad defektse meiootilise rekombinatsiooniga (rad51, rad51C, rad51b, xrcc3, xrcc2, dmc1, jne) Arabidopsis thaliana mutanttaimed. Analüüsitakse nimetatud geenide erinevaid alleele, et selgitada seost rekombinatsiooni ja SC tekkimise vahel. Töö käigus saadakse kahekordsed mutandid mutatsiooniga kahes eelpoolnimetatud geenis ja SC tekkimist võrreldakse ühekordsetes mutantides esinevaga. Rekombinatsionaalse valgu RAD51 jaotuvuse mustrit uuritakse Arabidopsis thaliana mutantides.
 
Töörühma liikmed:
Ljudmilla Timofejeva, PhD - töörühma juht, vanemteadur (molekulaargeneetika, tsütoloogia)
Galina Sokolova - vanemlaborant (taimekasvatus)
 
 
Publikatsioonid 2002-2006:
 
  1. Wijeratne AJ, Chen C., Zhang W., Timofejeva L., Ma H. 2006. The Arabidopsis thaliana PARTING DANCERS gene encoding a novel protein is required for normal meiotic homologous recombination. Mol Biol Cell 17, 133-143.
  2. Chen C, Zhang W, Timofejeva L, Gerardin Y, Ma H. 2005. The Arabidopsis ROCK-N-ROLLERS gene encodes a homolog of the yeast ATP-dependent DNA helicase MER3 and is required for normal meiotic crossover formation. Plant J. 43, 321-334.
  3. Hamant O, Golubovskaya I, Meeley R, Fiume E, Timofejeva L, Schleiffer A, Nasmyth K, Cande WZ. 2005. A REC8-dependent plant Shugoshin is required for maintenance of centromeric cohesion during meiosis and has no mitotic functions. Curr Biol, 15, 948-954.
  4. Li W, Yang X, Lin Z, Timofejeva L, Xiao R, Makaroff CA, Ma H. 2005. The AtRAD51C gene is required for normal meiotic chromosome synapsis and double-stranded break repair in Arabidopsis. Plant Physiol 138, 965-976.
  5. Li W, Chen C, Markmann-Mulisch U, Timofejeva L, Schmelzer E, Ma H, Reiss B. 2004. The Arabidopsis AtRAD51 gene is dispensable for vegetative development but required for meiosis. Proc Natl Acad Sci USA, 101, 10596-10601.
  6. Pawlowski WP, Golubovskaya IN, Timofejeva L, Meeley RB, Sheridan WF, Cande WZ. 2004. Coordination of meiotic recombination, pairing, and synapsis by PHS1. Science 303:89-92.



Geenitehnoloogia instituut

Akadeemia tee 15, 12618 Tallinn
tel 620 4400, faks 620 4401, yt@ttu.ee